Một quy trình nhuộm Ziehl-Neelsen điển hình liên quan đến việc thả các tế bào lơ lửng xuống một phiến kính, sau đó sấy khô chất lỏng và cố định nhiệt cho các tế bào. Nhuộm Ziehl–Neelsen cho bệnh lao được gọi là phương pháp “hot plate” (tạm dịchː "bản nhiệt") có nghĩa là phương pháp Ziehl-Neelsen sử dụng kính hiển vi quang học.[23] Để bắt đầu quá trình nhuộm, phải làm vết bôi vi khuẩn. Vết bôi phải được trải đều trên trung tâm của lam kính, sau đó phủ lên một mảnh giấy lọc và được nhuộm bằng carbol fuchsin bên trên giấy lọc. Bước tiếp theo, lam kính được làm nóng trong năm phút trong khi giữ cho giấy lọc nóng nhưng không sôi carbol fuchsin. Hết thời gian trên, giấy lọc được gỡ bỏ và lam kính được rửa sạch bằng nước cất. Cồn axit hóa được sử dụng để xịt rửa màu lam kính cho đến khi nước trong. Chất khử màu loại bỏ màu sắc từ các tế bào không kháng axit. Tuy nhiên lam kính vẫn cần rửa sạch lại bằng nước cất để đảm bảo tất cả các chất khử màu mất đi. Bước tiếp theo là nhuộm với màu xanh methylene trong 1 phút sau đó rửa sạch lam kính bằng nước cất. Lam kính được thấm khô bằng giấy lọc, không chà xát. Khi hoàn tất thì quan sát vi khuẩn dưới kính hiển vi trong dầu tụ quang.[24]